水稻所发布植物RNA修饰数据库平台助力植物RNA修饰研究
水稻所生信育种团队联合中国林科院、四川大学在国际知名学术期刊Nucleic Acids Research (2023 IF=14.9，5 YEAR IMPACT FACTOR：16.4)在线发表研究论文“PRMD: an integrated database for plant RNA modifications”。水稻所为第一完成单位，水稻所刘琦研究员为第一通讯，四川大学曹毅教授和中国林科院丁昌俊副研究员为共同通讯，四川大学郎小强博士、余春燕博士与水稻所沈梦圆博士为论文共同第一作者。
近年来，模式植物系统中RNA修饰的范围和功能已成为研究的热点，然而，目前缺乏一个数据库平台能够对植物RNA修饰及其相关调控数据进行全面挖掘、注释和可视化。
项目团队通过收集、整理和分析20种植物物种RNA大数据，开发了植物RNA修饰综合数据库(PRMD：http://bioinformatics.sc.cn/PRMD)，该数据库不仅提供了一种直观显示信息的届面，还提供了RMlevelDiff、RMplantVar、RNAmodNet和Blast等多种可视化和功能分析工具，并且通过mRNAbrowse、RNAlollipop、JBrowse和Integrative Genomics Viewer (IGV)等可视化届面能清晰显示相关的分析和统计结果。同时，项目团队利用数据库对水稻驯化中RNA的修饰作用进行了深入探讨。PRMD对用户完全免费开放，后续版本中将进一步添加和完善不同植物物种的不同种类RNA修饰数据。 
PRMD 数据库流程图
该研究得到了广东省农业科学院生物育种中心协同创新项目、国家自然科学基金以及林木遗传育种国家重点研发项目等项目的资助。
原文链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad851
