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我院成功开发黄羽肉鸡种质溯源液相芯片——粤源一号
种业是国家战略性、基础性的核心产业。近年来，国家对种业知识产权保护的重视程度不断提升，强调要建立可靠的低成本种质溯源技术方法，以保障种业知识产权。
鸡肉是我国仅次于猪肉的第二大肉类来源，其中约30%是黄羽肉鸡。黄羽肉鸡作为广东省的优势种业之一，截至2022年底通过国家级审（鉴）定的广东黄羽肉鸡配套系有25个，占比超36%，全国超过60%的黄羽肉鸡父母代种苗由广东省供应。然而，种业知识产权保护力度不足，一直是制约广东省乃至整个黄羽肉鸡种业高质量发展的重要因素。在黄羽肉鸡产业，由于缺乏可靠的低成本种质溯源技术方法作为支撑，依然存在大量的父母代种鸡和商品代肉鸡的套牌生产与销售，严重损害相关育种企业利益的同时，也极大抑制了黄羽肉鸡种业原始创新的活力。
近日，猪禽种业全国重点实验室——我院动科所家禽育种团队与康普森生物技术公司合作，成功开发出首款黄羽肉鸡低密度种质溯源液相芯片——粤源一号。这款芯片密度低于10K，包含9,998个SNPs，其中用于种质溯源的位点有9,737个，另外还有261个与抗病性状相关的位点。其具有位点多态性好、准确率高、基因组覆盖全面、成本低、效果好等特点，特别适用于黄羽肉鸡父母代种鸡和商品代肉鸡的种质溯源。
芯片以猪禽种业全国重点实验室——我院动科所家禽育种团队多年研究数据为基础，通过对国内外28个代表性地方品种、商业鸡种和红色原鸡群体进行高深度（平均测序深度>30×）全基因组重测序，同时结合康普森CAGT®靶向捕获测序技术，创制出国内首款密度低于10K可用于群体遗传背景高度近似的黄羽肉鸡种质溯源液相芯片。芯片共含有9,998个SNPs，其中包含用于种质溯源的位点9,737个，和抗病性状相关位点261个。
粤源一号具有位点多态性好、准确率高、基因组覆盖全面、成本低、效果好等特点，可用于家鸡的群体遗传关系鉴定，尤其是对大量群体遗传背景高度近似的黄羽肉鸡父母代种鸡和商品代肉鸡的种质溯源等。粤源一号的创制，对加强黄羽肉鸡种业知识产权的保护、保障黄羽肉鸡种业高质量发展具有重要意义。
粤源一号特点及优势
一是品种针对性强。芯片设计基于国内外28个地方鸡种、商业鸡种和红色原鸡群体所构建的高质量数字化基因库，囊括了大量国内外家鸡的群体遗传多样性信息。芯片位点是经高深度测序（平均测序深度>30×）和严格筛选得到，位点多态性高、检出率高，同时重点考虑了抗病性状，适用于国内地方鸡种和大量群体遗传背景高度近似的黄羽肉鸡的种质溯源，及抗病相关的基因组育种。二是芯片性能优良。芯片产品稳定性好，重复样本基因型一致率>99%，能高效、可靠地对地方鸡种和大量群体遗传背景高度近似的黄羽肉鸡父母代种鸡和商品代肉鸡进行群体遗传关系的鉴定，实现地方鸡种和黄羽肉鸡的种质溯源。三是高灵活性，高性价比。可根据需求适当增加/删减标记位点，进一步满足不同的产品应用场景。基于国产化设计、检测和分析流程，大大降低分型成本；采用自动化检测流程，提升检测通量和稳定性。
粤源一号数据表现
（1）SNP位点覆盖所有染色体，每条染色体分布均匀，平均距离为95 Kb。
芯片位点在染色体上的分布
（2）分型一致率：通过对3对重复样本进行分型，显示平均一致率达99.98%。
粤源一号样品分型一致率展示
（3）芯片种质溯源位点和全基因组位点，在地方鸡种的群体遗传关系鉴定上符合度高。
粤源一号种质溯源位点（9737个SNPs）和全基因组位点在28个地方鸡种、商业鸡种和红色原鸡群体中的种质溯源效力比较
（4）芯片实测，能可靠实现对群体遗传背景高度近似黄羽肉鸡商品代肉鸡的种质溯源。
粤源一号芯片和全基因组重测序对3家不同清远麻鸡育种公司的慢速型肉鸡进行种质溯源时的效力评估
以上结果表明，粤源一号位点选择合理、芯片设计出众，分型结果表现优异，能够满足大量样本的检测需求。
粤源一号的应用
粤源一号的应用方向
