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水稻所在水稻泛基因组研究方面取得系列进展
近日，水稻所分子育种团队（下称“团队”）在水稻泛基因组应用、泛基因组构建技术理论研究等方面取得系列进展，以第一单位发表论文3篇。
应用自主研发的泛基因组技术体系，在水稻稻瘟病抗病基因挖掘方面取得新进展。团队在前期构建的水稻泛基因组（Genome Biology，2023）基础上，鉴定出一个具有全生育期广谱抗性且对产量无影响的新位点qPBR1，并确定了其候选功能基因（图1）。该研究为培育具有持久、广谱稻瘟病抗性的水稻品种提供了宝贵的基因资源，更进一步证实了团队自主研发的泛基因组技术体系的实用性，能突破泛基因组与遗传分析对接的技术瓶颈，促进泛基因组技术在功能基因组学研究中的应用。相关结果以“Pangenome-Wide Association Study and Transcriptome Analysis Reveal a Novel QTL and Candidate Genes Controlling both Panicle and Leaf Blast Resistance in Rice”为题发表在Rice（中科院一区，IF=5.5）上，团队王健博士为第一作者，团队胡海飞博士和阳江农科所姜先芽为共同第一作者，团队赵均良研究员为通讯作者，我院植保所杨健源研究员为共同通讯作者。
图1 穗稻瘟病抗性 (PBR) 的 QTL 定位和 qPBR1 的精细定位。
比较了植物泛基因组构建和分析的三种主要方法，提出“图泛基因组有望成为新一代的参考基因组”的观点。团队对植物泛基因组构建和分析的三种主要方法进行比较（表1）。提出随着长读测序和生物信息学工具的进步，图泛基因组可实现高效的基因组分析和可视化，能够更精确地处理基因组数据，发现新的遗传变异，有望成为新一代的参考基因组。相关论述以“Technological development and advances for constructing and analysing plant pangenomes”为题发表在Genome Biology and Evolution（中科院二区，IF= 3.4）上，团队胡海飞博士为第一作者，赵均良研究员、华南农业大学联培生李日盛参与了此工作，西澳大学David Edwards教授为通讯作者。
表1 植物泛基因组构建和分析的三种主要方法的比较
探讨泛基因组数据可视化的机遇与挑战，提出泛基因组构建和分析的最佳实践方案。针对新兴的图形化泛基因组技术，结合团队前期大量研究和实践，全面探讨了泛基因组数据可视化的机遇与挑战，提出线性或图形泛基因组最佳构建策略的建议，同时对其在多组学数据库整合、功能基因挖掘及育种改良等方面的应用前景进行了展望（图2）。相关结果以“Plant pangenomics, current practice and future direction”为题发表在农业新兴期刊Agriculture Communication，团队胡海飞博士为第一作者，赵均良研究员、王健博士、聂帅博士参与了此工作，西澳大学David Edwards教授为通讯作者。
图2 泛基因组的构建方法、下游分析和应用
原文链接：
1. https://doi.org/10.1186/s12284-024-00707-x
